公司当时注册资金1000万元是认缴制，实收资本为0元，因此股权转让时可以0元转让！
当时股东实缴为0元，只是代表财产转让的原值为0元，并不代表财产转让的收入就可以是0元，若是你申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的，则视为股权转让收入明显偏低，税局照样给你核定转让价格。
提醒二：自然人股权0元转让，并不代表0元个税！
参考案例王总有个有限责任公司，****控股，注册资金1000万元，全部属于认缴，也就是实收资本0元。经过2年经营，截止目前未分配利润1000万元，也就是净资产1000万元。现在要股权转让给刘总，股东决议中标明的转让价格0元。请问：是否需要缴纳股权转让个税？印花税如何计算？股权转让个税、印花税
1、股权对应的净资产公允价值份额=1000万元*****=1000万元
2、因此核定股权转让收入=1000万元
3、股权转让属于财产转让所得，应缴个人所得税=（股权转让收入-取得股
权时的原值和合理费用）*20%=（1000-0）*20%=200万元
4、转让人和受让人分别缴纳股权转让的印花税=1000*0.05%=5000元
政策参考
国家税务总局公告2014年第67号《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》第十二条 符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:
（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；
第十四条 主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入:
（一）净资产核定法
股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定审核的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。